En GNU/Linux tenemos varias herramientas para simulación en electrónica, Orégano, KSimus Circuit Simulator, klogic, Quite Universal Circuit Simulator (Qucs), TKGate y KTechlab entre otros. Pero a mi parecer y no por que me he tomado aun la molestia de evaluarlos todos, pero ninguno tiene una interfaz tan completa como Proteus. Si buscas simulador potente capaz de simular por ejemplo la programación de un PIC puede serle útil KTechlab. Seguramente si eres programador y tienen la voluntad de mejorar las herramientas de software libre pues adelante, comunicate con los administradores de dichas aplicaciones y colabora, cosa que no podrás hacer con Proteus a menos que trabajes para Labcenter Electronics.
Ver instrucciones completas en http://ac-dc.tech/?page_id=119
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